Myšlenka zřídit muzeum se zrodila již v roce 2001. Tehdy se však jednalo o představu vytvořit v galicijském městě La Coruña umělecké centrum. Za tímto účelem byla vypsána mezinárodní architektonická soutěž, v níž zvítězil madridský ateliér aceboXalonso. Kompaktní krychle měla být schopná pojmout dvě odlišné náplně: oblastní muzeum a taneční konzervatoř. Návrh se snažil vyjádřit identitu obou odlišných využití. Autoři vítězného návrhu si nepřipouštěli, že by mohlo dojít v domě se dvojí náplní k záměně či neporozumění. Rozličný stavební program a časové využití v průběhu dne dalo vzniknout konceptu 'obřího betonovému stromu' obsahujícího taneční školu, na jehož jsou jako větve navěšeny muzejní prostory.
V roce 2003 se začalo s realizací projektu, při němž bylo poprvé ve Španělsku použitý samozhutňovací beton. Stejně tak byla uplatněna experimentální fasáda ze solárních panelů. Při realizaci se spotřebovalo 7500 tun betonové směsi, která byla společně s 1150 tunami ocelové výztuhy vylita do bednění o celkové ploše 16000 m². Fasáda je tvořená 3750 skleněnými panely o rozměrech 200x80 cm, které byly navěšeny na ocelové kabely o celkové délce 15 kilometrů. Na konci roku 2006 byla stavba dokončena a okamžitě získala na IX. Bienále španělské architektury ocenění pro mladé tvůrce. Objekt byl ještě před otevřením publikován v řadě zahraničních časopisů.
Pak však došlo k politickým změnám, které se promítly do směřování muzea a absenci výstavních exponátů, což vyústilo k uzavření muzea na tři roky a z neotevřeného muzea se rázem stal kus ruiny. Z narůstající ostudy nakonec našlo cestu ministerstvo vědy a invací, které hledalo, kam umístit Národní muzeum vědy a technologií, což nakonec dalo název MUNCYT a náplň novému muzeu. V interiéru musely proběhnout drobné změny, které se promítly také do obvodového pláště: původní vstup byl zaslepen a na opačné straně domu byl v betonové stěně vyřezán pomocí diamantového drátu vyřezán nový otvor o velikosti 4 x 8 metrů. Do muzea se nyní vstupuje z komorního náměstí, které rovněž ztvárnil ateliér aceboXalonso. Od původní myšlenky jednoho domu se dvěma tvářemi je nyní muzeum využíváno jako celek, kde návštěvníci odhalují svět vědy a techniky. Zakázka na ztvárnění expozice byla rozdělena mezi sedm různých týmů.