V Praze slouží cestujícím 43 železničních stanic a zastávek

Praha - Praha, která je největším železničním uzlem v Česku, je protkána hustou sítí tratí s délkou zhruba 200 kilometrů a cestujícím nabízí 43 vlakových stanic a zastávek. Ačkoli pražské železnice dlouho patřily k nejzanedbanějším, neboť modernizace železničních koridorů končila většinou před Prahou, v posledních letech se stavělo i zde, především vznikl úsek takzvaného Nového spojení. Modernizace se dočkaly i některé nádražní budovy. Zrekonstruované prostory stanice Praha hlavní nádraží budou otevřeny dnes.
    Osobní železniční doprava v Praze využívá zhruba 170 km tratí, což je více než trojnásobek tratí metra a o 30 km více než má tramvajová síť. Výhradně osobní dopravě jsou vyhrazena dvě největší nádraží v centru města - hlavní a Masarykovo. Dalších pět nádraží slouží jako přestupní.
  
Největší centrální a přestupní nádraží v Praze:
    
Praha hlavní nádraží
    - stanice byla otevřena v roce 1871 jako Nádraží císaře Františka Josefa, během první republiky a krátce i po válce bylo pojmenováno na počest amerického prezidenta Woodrowa Wilsona, nyní nese pouze přídomek "nádraží prezidenta Wilsona". Secesní hlavní budova byla postavena v letech 1901 až 1909 podle návrhu architekta Josefa Fanty. V letech 1972 až 1979 vznikla nová odbavovací hala z dílny architektů Aleny Šrámkové, Jana Bočana, Josefa Dandy a Jana Šrámka. Nádraží se zastřešeným kolejištěm je v současnosti nejvýznamnějším centrem dálkové přepravy osob, staví zde většina vlaků vyšších kategorií.
    
Praha Masarykovo nádraží
    - nejstarší železniční nádraží v Praze (slavnostní příjezd prvního vlaku se konal 20. srpna 1845). Polohu nádraží a kolejiště navrhl Jan Perner, empírové budovy s prvky novorenesance a klasicismu architekt Antonín Jüngling. Několikrát měnilo název (Praha, Praha státní nádraží, Hybernské nádraží, Praha - střed). Nádraží, které je jediným neprůjezdným (hlavovým) osobním nádražím v Praze, je v současnosti nejvytíženější stanicí pražských městských a příměstských železničních spojů.
    
Praha-Holešovice
    - nádraží bylo zprovozněno v roce 1985 a bylo určeno především pro mezistátní rychlíky, které Prahou pouze projížděly. Společná odbavovací hala nádraží a metra vznikla podle projektu architektky Magdy Peroutkové. Nádraží tvoří šestipatrová moderní betonová výpravní budova a dvoupodlažní odbavovací hala, která byla jako první v tehdejším Československu řešena bezbariérově. Kromě stanice metra jsou v sousedství nádraží i dva autobusové terminály.
     
Praha-Smíchov
    - stanice zahájila provoz v roce 1862, kdy se stala konečnou České západní dráhy z Plzně. V roce 1872 získala spojení na hlavní nádraží. V minulosti bylo známo jako "nádraží Západní dráhy" nebo "Západní nádraží". Původní nádraží bylo po druhé světové válce zbouráno a v letech 1953 až 1956 vybudováno nové podle projektu architektů Jana Zázvorky a Ladislava Žáka. Má přímou návaznost na stanici metra i na tramvajovou a autobusovou dopravu. Součástí je i druhé smíchovské nádraží - nádraží bývalé Buštěhradské dráhy, které je v jízdních řádech vedeno samostatně jako Praha - Smíchov severní nástupiště.
    
Praha-Vršovice
    - provoz nádraží byl zahájen v roce 1880. Původně se jmenovalo Nusle - Vršovice (později Vršovice - Nusle) a stála zde jednopatrová staniční budova. Současná neoklasicistní budova s prvky novorenesance byla postavena v letech 1899 až 1903. V blízkosti je velká stanice stěžejní pro nákladní dopravu Praha - Vršovice seřaďovací nádraží.
    
Praha-Libeň
    - stanice vznikla v roce 1877 na trati Olomouc - Praha, která zde vedla již od roku 1845. V minulosti se jmenovala Libeň - horní nádraží (stanice Libeň - dolní nádraží byla na Palmovce na trati k nádraží Praha-Těšnov). Osobní část nádraží byla modernizována v roce 1978, kdy byla postavena nová odbavovací hala a vybudovány krytá nástupiště a podchody. V roce 2004 prošlo rozsáhlou revitalizací.
    
Praha - Vysočany
    - nádraží zahájilo provoz v roce 1872 v souvislosti s dokončením trati z Neratovic do Prahy. Staniční budova s nástupišti je umístěna netradičně ostrovně v sevření kolejiště a je proto přístupná pouze podchodem.